กลไกหลักในการดำเนินงานของอาฟตา คือ จะต้องมีการลดอัตราภาษีศุลกากรระหว่างกันโดยไม่ลดให้ประเทศนอกกลุ่ม
1.ลดภาษีอุตสาหกรรมและเกษตรกรรมแปรรูปทุกรายการโดยจะต้องหยอยลดภาษีลงเหลือร้องละ0-5ภายใน10 ปี สำหรับกลุ่มสินค้าลดภาษีปกติและลดภาษีภายใน 7 ปี สำหรับกลุ่มสินค้าเร่งลดภาษี
2.สินค้ารายการใดที่ไม่สามารถนำเข้ามาลดภาษีตามเวลาดังกล่าวได้ประเทศสมาชิกสามารถของสงวนสิทธิ์การลดภาษีได้
- สิ้นค้าเกษตรไม่แปรรูป แบ่งเป็น
1.รายการลดภาษีทันที
2.ขอยกเว้นเป็นการชั่วคราว
3.สินค้าเกษตรไม่แปรรูปอ่อนไหว
4.สมาชิกสามารถไม่ลดภาษีสินค้าบางรายการได้ตลอดไป ซึ่งได้แก่ สินค้าที่มีผลกระทบต่อความมั่นคง ศีลธรรม
5.จะต้องยกเลิกมาตรการจำกัดการนำเข้า ทันทีที่ประเทศสมาชิกได้รับสิทธิประโยชน์จากการลดภาษีจากประเทศสมาชิกอื่นๆ
6.กำหนดให้สินค้าที่มีสัดส่วนมูลค่าที่เกิดขึ้นภายในอาเซียนอย่างน้อยร้อยละ40 จึงจะได้รับสิทธิประโยชน์จากการลดภาษีภายใต้อาฟต้า
7.ประเทศสมาชิกอาเซียนเดินและประเทศสมาชิกใหม่ จะมีกำหนดเวลาในการดำเนินการภาญใต้อาฟต้าแตกต่างกัน เนื่องจากสมาชิกใหม่เข้าร่วมในอาฟต้าช้ากว่า